(営業保証金の保管替え等)
第二十九条 宅地建物取引業者は、その主たる事務所を移転したためその最寄りの供託所が変更した場合において、金銭のみをもつて営業保証金を供託しているときは、法務省令・国土交通省令の定めるところにより、遅滞なく、費用を予納して、営業保証金を供託している供託所に対し、移転後の主たる事務所の最寄りの供託所への営業保証金の保管替えを請求し、その他のときは、遅滞なく、営業保証金を移転後の主たる事務所の最寄りの供託所に新たに供託しなければならない。
2 第二十五条第二項及び第三項の規定は、前項の規定により供託する場合に準用する。

ここで言ってることは、本店を移転して最寄りの供託所が変更になった場合の話です。

費用を予納して(保管換え手数料を払っての意味)、供託金を最寄りの供託所に保管換えしなければなりません。

以下の2つのケースがあります。

①金銭のみで供託している場合
②有価証券のみ、または有価証券+金銭で保管している場合

この図で覚えておくとよいと思います。

そして、その旨を遅滞なく免許権者に届出(供託書を貼付)をしなければならない。(規則15条の4(営業保証金の保管替え等の届出)
第十五条の四 宅地建物取引業者は、法第二十九条第一項の規定により、営業保証金の保管替えがされ、又は営業保証金を新たに供託したときは、遅滞なく、その旨を、供託書正本の写しを添附して、その免許を受けている国土交通大臣又は都道府県知事に届け出るものとする。

第二十五条第二項及び第三項の規定2 前項の営業保証金の額は、主たる事務所及びその他の事務所ごとに、宅地建物取引業者の取引の実情及びその取引の相手方の利益の保護を考慮して、政令で定める額とする。
3 第一項の営業保証金は、国土交通省令の定めるところにより、国債証券、地方債証券その他の国土交通省令で定める有価証券(社債、株式等の振替に関する法律(平成十三年法律第七十五号)第二百七十八条第一項に規定する振替債を含む。)をもつて、これに充てることができる。
は、前項の規定により供託する場合に準用する。というのは、「営業保証金の額」の話と供託金に「有価証券」が使えますよ、の話です。これも準用されます。